Quân đội Hoa Kỳ tại Nhật Bản (USFJ) (Nhật: 在日米軍 (Tại Nhật Mỹ quân), Hepburn: Zainichi Beigun?) là một bộ chỉ huy thống nhất trực thuộc Bộ Tư lệnh Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương Hoa Kỳ (USINDOPACOM). Đơn vị được kích hoạt tại Phi trường Fuchū ở Tokyo, Nhật Bản, vào ngày 1 tháng 7 năm 1957 nhằm thay thế Bộ Tư lệnh Viễn Đông (FECOM) cũ.[2] USFJ được chỉ huy bởi Tư lệnh Quân Mỹ tại Nhật (COMUSJAPAN), sĩ quan này cũng kiêm chức Tư lệnh Không lực 5. Quân Mỹ tại Nhật hiện có tổng hành dinh tại Căn cứ Không lực Yokota ở Tokyo.COMUSJAPAN lập kế hoạch, chỉ đạo và giám sát việc thực hiện các nhiệm vụ, trách nhiệm được giao bởi Chỉ huy Bộ Tư lệnh Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương Hoa Kỳ (COMUSINDOPACOM). Họ thiết lập và thực hiện các chính sách để hoàn thành sứ mệnh của Quân lực Hoa Kỳ tại Nhật Bản, cũng như chịu trách nhiệm phát triển các kế hoạch bảo vệ đất nước. USFJ ủng hộ Hiệp ước Hợp tác & An ninh lẫn nhau, quản lí Hiệp định Địa vị Nhật-Mỹ (SOFA) giữa Hoa Kỳ và Nhật Bản. Chịu trách nhiệm điều phối các vấn đề khác nhau quan tâm với các chỉ huy quân sự ở Nhật Bản. Bao gồm các vấn đề ảnh hưởng đến mối quan hệ Mỹ-Nhật với Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ (DOD); giữa các cơ quan thuộc DOD với Đại sứ Mỹ trú tại Nhật Bản; giữa các cơ quan thuộc DOD và Chính phủ Nhật Bản (GOJ).Theo Hiệp ước Hợp tác & An ninh lẫn nhau giữa Hoa Kỳ & Nhật Bản, Mỹ có nghĩa vụ cung cấp cho nước Nhật sự hợp tác chặt chẽ với Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản, trong lĩnh vực phòng thủ hàng hải, phòng thủ tên lửa đạn đạo, kiểm soát trên không nội địa, an ninh thông tin liên lạc và ứng phó thảm họa.